昨天凌晨三点,大洋彼岸的审稿人打来视频通话。屏幕上,那位满头白发的《Annals of Mathematics》编委瞪着眼睛:“温同学,你是否考虑过将计算几何的Gromov双曲度量引入复杂度分析?”
“张教授,这个问题我三年前就想到了!”温靖爽朗笑声通过扬声器传遍办公室,几个熬夜赶论文的研究生从隔壁探出头,“不过您既然提了,我明天就加个附录说明这个思路为什么行不通——不是方向错了,而是度规空间的选择会导致我们忽略问题的拓扑本质。”
挂断视频,他继续在草稿纸上涂画。粉笔灰沾满袖口,咖啡杯在桌角已经冷透。窗外的上海正从黑夜转为黎明,黄浦江上的货轮鸣笛声隐约传来。
在他论文的致谢部分,有一行特别的文字:“特别感谢京华大学生物信息学实验室49种PTs同源蛋白大数据,为我的数学模型提供了完美的应用场景。”编辑曾建议删掉这看似无关的致谢,他坚持保留:“数学不是空中楼阁,它需要现实的土壤生根。”
上海光源国家实验室,实验大厅空旷如机场机库。
同步辐射X射线衍射仪正在解析某种放线菌代谢产物的晶体结构。覃梦薇站在操作台前,盯着屏幕上跳动的电子云密度图——那是蛋白质分子中电子在三维空间的概率分布,每一个亮点都是一个原子可能的位置。
实验室里安静得能听见自己的心跳。仪器运转的轻微嗡鸣像是深海鲸歌,而她则是那个倾听者。数据流在屏幕上滚动,每一个峰谷、每一条等高线都在讲述分子结构的故事:α螺旋的周期性重复、β折叠片的氢键网络、活性位点的配体结合口袋……
“覃同学,你的数据太完美了,”身边比她大几届的研究生小声说,语气里满是惊叹,“连蛋白质在晶格中的微小构象变化都捕捉到了。这分辨率……”
“每个分子都有自己的故事,”覃梦薇温和地笑了笑,眼睛依然盯着屏幕,“我们只是学会了倾听。”
她调整参数,收集另一组衍射数据。光束线上的同步辐射光如同最精细的手术刀,将晶体内部结构层层剖开。这些数据将与她之前在京华做的分子动力学模拟相互印证,构建出蛋白质从静态结构到动态功能的完整图景。
而这其中最新发现的那个PTs同源蛋白,其底物结合口袋的形状恰好可以用温靖论文中提到的某种几何不变量来描述。她想起三天前读他论文时那个瞬间——当看到“曲率流在配置空间中的收敛性”那段时,她突然意识到,这或许能解释为什么某些突变会改变酶的催化效率。
她在研究笔记的空白处写下:“温的复杂度分层理论或可用于优化基因测序算法的比对步骤。特别是处理高度重复序列时,当前算法的时间复杂度是O(n??),如果引入分层近似……”
笔记的下一页,贴着《Annals of Mathematics》那篇论文的首页复印件。她轻轻推了推滑到鼻尖的眼镜,嘴角泛起一丝几不可察的微笑。